Publish or perish. Ok, perish!

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Siamo arrivati ad uno stop. Forse non definitivo ma sicuramente duraturo. Il mio lavoro sulla base dati è fermo da mesi, tanto che riprenderlo adesso vorrebbe dire ricostruire il flusso operativo anche solo per capire quale possa essere il prossimo passo da compiere.
La situazione di pandemia inoltre ha stravolto i ritmi quotidiani facendo sparire il tempo principe di questo progetto, l’ormai mitica “pausa pranzo”, sostituita da un pranzo in famiglia, sicuramente più piacevole e salutare ma anche più lungo e lontano (per fortuna) dagli strumenti informatici.
Inoltre la costruzione del database stava diventando sempre più una operazione fine a se stessa, preliminare sì alla verifica delle ipotesi, all’estrazione di risultati e, auspicabilmente, alla pubblicazione di un articolo ma talmente lunga da confondere questi esiti in un futuro indefinito e incerto.
Così in attesa di tempi migliori sotto tutti i punti di vista, ho “impacchettato” il database, cancellandolo da Azure (così risparmio qualcosa tutti i mesi, e a ben vedere neanche poco) e facendone una copia sul mio vecchio e fido laptop.
Che fine farà questo blog? Sicuramente rimarrà aperto come cronologia di questi anni (tra poche settimane saranno 4) e in attesa di riprendere il discorso da dove lo stiamo interrompendo.
Ma poiché si aprono alcuni scenari, incerti per il momento, di ricerca in ambito musicologico (ma sempre legati all’aspetto informatico e delle basi dati), credo che il focus del blog potrebbe provvisoriamente spostarsi.
Per il momento, in questa situazione così particolare, cerco di godermi la possibilità che mi è data di stare con le persone che amo: mia moglie e mia figlia.

Arenati sullo Step B

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Sull’onda di entusiasmo dello Step A siamo partiti con il successivo Step B ovvero l’integrazione delle generazioni dalla 9 alla 12. Non è servito molto tempo ad arenarsi di fronte ai soliti problemi di false omonimie, ambiguità nei nomi, mancate corrispondenze, tutte difficoltà dovute alla mancanza di un identificativo univoco dei soggetti che saranno risolte dal database relazionale. 
Se le competenze e gli strumenti per affrontare questi problemi non mancano, quello che manca è, come al solito, il tempo. Soprattutto da parte mia. 
Le pause pranzo (tempo principe per la ricerca ormai da diversi anni) sono state occupate da un MOOC dell’Université de Bourgogne su un argomento decisamente lontano dalla genealogia (l’enologia) ma, al momento, necessario per affrontare il concreto problema della vinificazione in modo almeno un po’ più consapevole. 
Anche l’attività musicale, ripresa quasi per gioco, ha cominciato ad assumere tratti interessanti e, anche se non assorbe troppo tempo, occupa in modo significativo le risorse mentali ed emotive altrimenti destinate al progetto. Inoltre sembra che anche sul piano della ricerca musicologica si stiano aprendo prospettive interessanti ed a breve sarò chiamato a scrivere (e magari pubblicare) qualche intervento che mi riporti su quel fronte del mondo accademico che mi vede inattivo da oltre dieci anni. 
Sicuramente, però, in questo variegato scenario, Hochadelsdorf mantiene il suo posto di progetto accademico prioritario, sempre più consapevoli che la costruzione di questa base dati ma soprattutto la sua divulgazione possa essere un importante contributo non solo allo studio delle genealogie ma anche a quello dei metodi della fisica applicati alle scienze umane. 

Step A

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Si potrebbe pensare che Hochadelsdorf sia scomparso nel nulla e invece ha raggiunto, in questi ultimi mesi, un primo traguardo. Quello che ho denominato Step A, ovvero il popolamento del database relazionale con le prime 9 generazioni, è completato.
Quindi non solo la struttura del database ma anche una parte dei dati pressoché definitivi è stata consolidata e adesso sto lavorando allo Step B ovvero le generazioni dalla 9 alla 12.
Certamente il cammino è ancora lungo anche perché viene percorso con una lentezza estenuante anche se inevitabile.
Nel frattempo (o meglio da un po’ di tempo ma me ne sono accorto solo in questi giorni) è uscito sui Quaderni Storici editi da Il Mulino, un articolo di Paolo Rossi e Roberto Bizzocchi dal titolo “La genealogia come disciplina ausiliaria della genetica”1 che presenta in maniera ampia il mio lavoro di tesi come conferma empirica del modello di Chang2 e come apertura verso ulteriori approfondimenti nell’ambito della genealogia quantitativa e della dinamica delle popolazioni. Uno stimolo in più a completare (in tempi brevi) la base dati.

1. Paolo Rossi, Roberto  Bizzocchi, La genealogia come disciplina ausiliaria della genetica, in “Quaderni storici, Rivista quadrimestrale” 1/2018, pp. 265-278, doi: 10.1408/91127
2. J.T. Chang, Recent common ancestors of all present-day individuals, Advances in Applied Probability 31 (1999) pp. 1002-1026

Mese sabbatico

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Questo lungo periodo di silenzio sul blog ha corrisposto ad una fase molto prolifica sul fronte della ricerca. Ho estratto nuovamente tutti i dati dalle tre basi dati online usando nuovi criteri (e automatizzando molti dei processi), li ho allineati per permettere un confronto tra le fonti in modo da individuare (e sanare) eventuali “biforcazioni” nelle genealogie, ho creato la struttura della base dati relazionale ed ho iniziato a popolarla. Tutto sembrava andare a gonfie vele finché è arrivato Dicembre, con il suo carico di impegni, che ha imposto una battuta di arresto, un mese sabbatico appunto. 

Un carico lavorativo straordinario in vista della fine dell’anno mi ha impegnato più del solito trasformando la pausa pranzo in un momento in cui tirare il fiato più che immergersi nell’analisi dei dati. A questo si è aggiunta la decisione di riprendere l’attività musicale in orchestra, dopo oltre 11 anni di inattività. Una scelta di cui sono molto soddisfatto e che spero abbia un seguito, compatibilmente con tutto il resto. 

Nel frattempo, si è laureato il tesista a cui avevo dato alcune dritte sulle genealogie. Ci siamo incontrati per discutere del futuro del progetto Hochadelsdorf e di come avremmo potuto collaborare per unire le due basi dati: quella a cui sto lavorando e quella da lui usata per la tesi. Abbiamo deciso delle linee comuni in modo che, pur lavorando, al momento, separatamente, possiamo poi, con un minimo di sforzo necessario, unire i dati. Hochadelsdorf a questo punto allarga il suo team di lavoro e questo non può che farmi piacere. 

Ancora una volta mi trovo a fare buoni propositi per il nuovo anno. Questa volta sarò molto cauto: l’aspettativa è quella di finire di popolare il database relazionale. Sarebbe già un traguardo! 

Leaving the comfort zone

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Due mesi fa, dopo 15 anni, ho lasciato l’azienda per cui lavoravo come sviluppatore software. È capitata una occasione interessante ed ho pensato che fosse arrivato il momento di mettersi alla prova. Sono molto soddisfatto della scelta. Certo non è stato facile ma un amico (e mentore da un punto di vista professionale) mi ha sempre mostrato l’immagine seguente. Ed io ho deciso di lasciare la mia zona di comfort per andare a vedere la magia là dove essa accade. 

Anche dal punto di vista della ricerca ho dovuto lasciare la zona di comfort. Dopo interventi infruttuosi e vicoli ciechi, abbiamo deciso di cambiare completamente approccio. Fino ad adesso abbiamo considerato Genealogics come la fonte dati principale ed utilizzato le altre (Roglo e Geneagraphie) come integrazione. Questo ha portato ad una serie di interventi che, se da una parte correggevano un’incongruenza, da un’altra parte ne inserivano di nuove con nuovi problemi di grafia dei nomi e di legami mancanti. Con oltre tre milioni di record è facile perdere il filo dopo un po’.
Così, dopo una non breve consultazione via Skype (ormai non vado quasi più in dipartimento), abbiamo deciso di ripartire… da capo! Esatto, dai file di testo estratti (a mano) dalle tre basi dati ed elaborati con una versione migliorata degli script in C# che ho usato, ormai oltre tre anni fa, per la tesi.
Da una parte dispiace che tre anni di lavoro siano serviti solo a creare know-how ma dall’altra è un sollievo uscire dalle pastoie di approcci sbagliati e dalla rigidità di una impostazione dei dati che se, all’epoca della tesi, è stata vincente perché ha permesso di individuare alcuni risultati e di intravederne altri, alla lunga ha dimostrato tutti i suoi limiti. Giusto per fare un esempio, all’epoca decisi di usare il nome come identificativo di ciascun soggetto: niente identificativi numerici univoci o cose simili. Avete idea di che significhi fare una ricerca su milioni di righe usando una stringa di trenta o quaranta caratteri come filtro?
In questa revisione della base dati (eviterò di chiamarla Hochadelsdorf 2.0) abbiamo deciso di adoperare da subito un approccio relazionale: più tabelle, una per ciascuna entità o relazione, collegate tra di loro mediante identificativi numerici. Sulla struttura del database tornerò in seguito perché è ancora in fase di definizione. Al momento sto estraendo i dati dai file di testo e popolando delle tabelle provvisorie; da esse dovrò generare un tracciato dati che metta a confronto le tre fonti e su cui determinare i soggetti corretti da importare nel database relazionale (“il relazionale” è ormai il nome comune per questo oggetto che stiamo andando a creare). La roadmap è definita, il tempo, al solito, è poco ma con le idee chiare sul da farsi si lavora meglio. Speriamo di aver imboccato la strada giusta che dalla comfort zone ci porti a incontrare la magia che in questo progetto, sono sicuro, è ancora tutta da scoprire.

Ma quanto è nerd!

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Qualcuno si ricorderà della mela ACERba. Un bell’esperimento ma mi sono accorto che, come strumento di lavoro, non era poi così pratico. Così ho deciso di rendere l’hardware un po’ più pimpante portando la RAM a 4GB e sostituendo l’hard disc con uno a stato solido da 128 GB. Una configurazione di tutto rispetto che unita all’istallazione di Windows 10 mi ha permesso di avere una macchina adatta alla ricerca che sto portando avanti. Con Visual Studio, SQLServer Management Studio e Notepad++ ho tutto quello che mi serve; per Excel posso usare la versione online dato che la licenza è associata all’altro portatile. Però, tolta la mela, il vecchio Acer era un po’ anonimo (e anche bruttino, direi). Una manciata di adesivi presi da Redbubble ed eccolo più nerd che mai! (notare l’adesivo “Genealogist” in basso a destra… non ho saputo resistere).

Tempo relativo

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Qualche giorno fa, parlando con il Professore, discutevamo di un lavoro di estrazione manuale di alcune Ahnentafeln (tavole degli antenati) dal web: “Dovrebbe riuscire a copiarne una al minuto, in questo modo in 8 ore ha finito. È una giornata di lavoro”. Peccato, pensavo io, che non riesca a lavorare più di mezz’ora al giorno al progetto, dal lunedi al venerdi, quindi 8 ore di lavoro, nel mio caso, corrispondono ad un periodo di quasi 4 settimane. A volte mi domando come sarebbe andato avanti il progetto se avessi avuto modo di lavorarci a tempo pieno. Ma penso anche che se non avessi avuto l’altro lavoro, quello retribuito, forse non avrei potuto fare neanche quel poco che ho fatto finora.

Buoni propositi

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E’ da poco iniziato un nuovo anno e, come è consuetudine, è tempo di buoni propositi. Gennaio si è aperto con una inconsueta attività sulla base dati: ho integrato, corretto, analizzato un significativo numero di soggetti e la via per i futuri sviluppi sembra tracciata anche se in modo non così evidente. Il primo proposito quindi è quello di mantenere questo ritmo di lavoro, lento ma costante, in modo da non perdere il filo della ricerca. Il secondo, derivante dal primo, è quello di raggiungere una situazione stabile della banca dati tale da poter cominciare il lavoro di analisi statistica che ci siamo prefissi. Il terzo più che un proposito è un desiderio: ottenere qualche risultato tangibile e, perché no, pubblicarlo.

A caccia di muoni

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Sono sempre stato affascinato dai progetti di grid computing e di citizen science. Non ho mai sperimentato SETI@home perché la ricerca di forme di vita extraterrestri non rientra nei miei interessi ma, in una fase piuttosto nerd della mia vita, avevo configurato un server per Folding@home, il progetto sullo studio delle proteine dell’Università di Stanford.
Qualche giorno fa ho ricevuto il mio primo numero di Asimmetrie, la rivista dell’Istituto Nazionale di Fisica Nucleare, numero interamente dedicato ai muoni. La rivista, splendidamente realizzata, viene recapitata gratuitamente a tutti coloro che ne fanno richiesta e, pur affrontando tematiche legate alla fisica delle particelle, risulta sufficientemente divulgativa da garantire una piacevole lettura.
Nell’ultima pagina ho trovato il riferimento ad un progetto veramente interessante promosso dal Wisconsin IceCube Particle Astrophysics Center della Wisconsin University denominato DECO (Distributed Electronic Cosmic-ray Observatory).

DECO
In breve si tratta di sfruttare il sensore della fotocamera di un dispositivo mobile per rilevare i muoni derivanti dai raggi cosmici.
Al di là di un interesse amatoriale per la fisica delle particelle, l’entusiasmo è scattato perché i raggi cosmici seguono un processo di branching e quindi rientrano nel mio ambito di studio.
È bastato requisire un vecchio cellulare Android di mia moglie ormai in disuso e istallare l’app del progetto per trasformare la mia soffitta il mio studio1 in un rilevatore di muoni.
Se qualcuno fosse interessato a vedere come me la sto cavando, il link al tracciato CSV è questo: https://deco-web.wipac.wisc.edu/?sensor_id=DECO-ffffffff-fc4b-30b0-4480-0c3100000000&output=csv.

EDIT 10/01/2018: Visti gli scarsi risultati ho pensato di destinare il dispositivo ad altro uso ovvero il testing di applicazioni sviluppate con Thunkable… maggiori dettagli in seguito.

  1. Sembra che, sebbene la soffita sia ad un solo piano di distanza, non sia raggiunta dal wi-fi di casa pertanto l’app non è in grado di trasmettere i dati al server. In attesa di portare la connessione tramite una power line, ho spostato il rilevatore nella libreria dello studio.

A che punto siamo?

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E’ passato molto tempo dall’ultima volta che ho scritto su questo blog ma non sono stato inoperoso. Certo il progetto procede un po’ a rilento ma durante l’estate sono state fatte molte correzioni alla base dati e, ad oggi, dovrei essere in grado di integrare i dati con quelli provenienti da un’altra base dati online, operazione che dovrebbe colmare alcune lacune nelle genealogie studiate. Proprio in questi giorni sto valutando l’impatto di questa operazione di integrazione.

Qualche mese fa, il professore mi ha chiesto di dare una mano ad un suo tesista in fisica statistica che sta lavorando sulla cladistica tra famiglie. L’idea era quella di integrare gli alberi genealogici dei capostipiti dell’alta nobiltà con rami sterili e su questi dati condurre varie analisi di tipo statistico. La base dati del progetto Hochadelsdorf poteva quindi costituire un ottimo punto di partenza ma necessitava di alcune elaborazioni. Ho fatto quindi quello che forse avrei dovuto fare fin dall’inizio: trasformare la base dati in una base dati relazionale. Attualmente infatti il database di Hochadelsdorf è una enorme tabella in cui molti dati sono ridondanti. Ho quindi estratto la tabella dei soggetti univoci assegnando ad essi un codice numerico ed ho sostituito, nella tabella delle occorrenze, i nomi con i codici. Poi a ciascun soggetto ho assegnato il codice del padre e quello della madre. In questo modo ho facilitato il lavoro del tesista fornendogli i dati in un formato sicuramente più maneggevole. Magari in un prossimo post entrerò nel dettaglio delle istruzioni SQL adoperate per la trasformazione.

Religioni

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Citazione di Elkann

Secondo me, la religione ebraica è un treno che viaggia da più di cinquemila anni.
Duemila anni fa su quel treno sono saliti anche i cristiani e ora si continua il viaggio insieme.
Più tardi sono saliti i musulmani e viaggiano anche essi sullo stesso treno.
Ogni religione ha la sua verità, ma tutte si assomigliano perché predicano l’affermazione del bene sul male.

Alain Elkann

La foto è stata scattata nel mio nuovo “ufficio”.

Villa Maria

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Oggi per l’ultima volta trascorrerò la mia pausa pranzo in questo piccolo parco cittadino perché da lunedì l’azienda per cui lavoro cambierà sede, spostandosi più in centro dove il verde scarseggia. Sono dispiaciuto perché non solo la quasi totalità dei post di questo blog ma anche molti degli avanzamenti nella mia ricerca hanno visto la luce su queste panchine e tra questi alberi. Il parco è tranquillo, ottimamente coperto dalla rete wi-fi del Comune (gratuita), riparato in inverno e fresco in estate: il posto ideale per lavorare. Posso quasi individuare come mio ufficio personale una precisa panchina, a metà del viale principale, scelta per la vicinanza all’access point wi-fi e la posizione non troppo isolata ma neanche troppo trafficata.

Non mi rimane che individuare una possibile alternativa nella nuova zona, magari una biblioteca pubblica, con caratteristiche simili oppure, munito di bicicletta, accorciare la pausa e raggiungere la panchina che ha fedelmente fatto funzione di ufficio, studio e laboratorio in questi ultimi anni.

Leggere su un ebook reader

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Da quando ho iniziato a percorrere in autobus il tragitto casa lavoro ho ripreso a leggere. Narrativa intendo, qualcosa che non siano saggi, articoli, tutorial. Il mio vecchio Kindle, quello con la tastiera querty, è tornato a nuova vita e si presta ottimamente a portare in giro un certo numero di libri tra cui quello correntemente in lettura. Certo non sarà affascinante come la storica edizione Einaudi di “Marcovaldo” di Calvino che sfoggia con noncuranza il viaggiatore seduto di fronte a me ma è sicuramente molto pratico.

Non ho mai amato le diatribe tra carta ed e-ink anche perché reputo l’ebook reader uno dei pochi oggetti tecnologici utili: fa una cosa sola e la fa bene. Certo, la carta è la carta ed un libro non è solo contenuto ma anche oggetto (ah i tempi in cui sprofondavo in “Seuils” di Gérard Genette fattomi scoprire dal prof. Madrignani) e rigirarsi tra le mani una preziosa prima edizione o semplicemente un volume ben fatto è una esperienza quasi mistica ma per leggere un romanzo e perdersi nella narrazione non vedo perché non usare un ebook reader.

L’unica differenza in termini di fruizione che ho notato, ma è un fatto personale, è la maggior propensione, con l’ebook reader, ad abbandonare la lettura di un libro. Se con la carta mi era successo solo un paio di volte, con vittime illustri come “I tre moschettieri” di Dumas e “Moby Dick” di Melville (ma in questo caso l’interruzione fu causata dagli impegni legati alle nozze e al relativo viaggio), con il Kindle mi trovo ad iniziare ed abbandonare un libro con molta più facilità. Non credo sia solo una questione di costo del libro e neanche di desiderio di saggiare una storia prima di portarla in fondo. Non saprei individuare una causa. Fatto sta che, in questa fase di lettura in mobilità, più di un testo è stato abbandonato per strada, compreso l’immarcescibile “Walden” di Thoreau che ho trovato (colpa forse di una pessima traduzione) indigeribile.

E’ pur vero che Daniel Pennac colloca il diritto di non finire un libro tra i 10 diritti del lettore ma, per come sono stato formato ed abituato, un libro va sempre letto tutto, con annessi e connessi (copertina, prefazioni e tutto quanto è paratexte, per dirla con Genette) e abbandonare la lettura mi fa sempre un certo strano effetto.

Adesso sto leggendo un romanzo recente, non impegnativo, la cui trama riesce a prendermi abbastanza e che mi fa riscoprire, dopo anni, la lettura come svago: “Il genio e il golem” di Helene Wecker. Speriamo che l’autobus trovi traffico…

Assemblea dei “carnetiers” di Hypotheses

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Questa mattina, dalle 9.00 alle 12.30, si è tenuta presso l’auditorium Marie Curie del CNRS a Parigi l’assemblea annuale dei carnetiers (i bloggers) di Hypotheses di cui faccio parte. Ovviamente partecipare di persona sarebbe stato impossibile ma fortunatamente l’evento era disponibile anche in streaming con possibilità di intervenire via chat. Ho cercato di seguire la discussione anche se in modo un po’ discontinuo causa impegni di lavoro e scontrandomi con i limiti linguistici. Pur non parlando francese, infatti, sfruttando la tecnica delle “isole di comprensione”1 e conoscendo il contesto, riesco a capire il concetto generale del discorso.

Sono emerse questioni interessanti, dalle richieste di plugin specifici da rilasciare sulla piattaforma all’attenzione alle problematiche legate alla sicurezza ma soprattutto si è respirato il clima di una grande comunità di ricercatori, con numeri sempre in aumento, con una dimensione europea di ampio respiro (Italia, Germania, Spagna, …) e con lo sforzo comune di realizzare la più grande piattaforma di blogging accademico interamente open.

Anche se a distanza, anche senza il contatto verbale o la pausa caffé condivisa con i colleghi, mi sono sentito orgoglioso di far parte di questa comunità, di aver visto i volti di chi quotidianamente si impegna affinché queste poche e spesso bislacche righe che scrivo sul blog possano essere con facilità condivise con altri e di aver potuto dire loro il mio merci! per questo impegno.

  1.  Tecnica mediante la quale, individuando in un testo scritto o in un discorso orale alcune parole conosciute o derivanti da altre lingue conosciute, si cerca di ricostruire e comprendere il senso generale. Non so se questa tecnica esista veramente o si chiami proprio così ma in genere funziona, almeno per le lingue latine.

La Mela ACERba

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Credo che le mie preferenze in termini di Sistemi Operativi siano piuttosto chiare: uso Windows per studio e per lavoro. Questo non significa che disprezzi o rifiuti gli altri sistemi. Ho usato Linux dal 2003, quando ancora esisteva la distribuzione Mandrake e buona parte della mia carriera da studente universitario di Informatica Umanistica (e in particolare la tesina di “Metodi della Fisica per le Scienze Umane”) ha avuto come strumento di lavoro un vecchissimo portatile con Debian. Certamente non sono quello che amo definire un “linuxaro folle” ma ho una certa passione per il pinguino. Non ho, invece, mai usato MacOSx ma solo perché l’hardware su cui gira costa decisamente troppo (almeno per le mie finanze), anche usato.

Recentemente ho recuperato in azienda un vecchio portatile Acer Extensa 5230 (Processore Celeron 2GHz, 3GB di RAM, 160GB HD) ed ho deciso di dedicarlo ad una istallazione Linux. Avrei voluto tentare l’istallazione di un Hackintosh ma l’età nerd in cui si passa la notte a cercar di far funzionare driver su improbabili sistemi operativi l’ho passata da tempo. Ho quindi istallato un più tranquillo Linux Ubuntu. Però ero sempre tentato dalla mela (fa parte della natura umana forse). Allora ho trovato questo tutorial seguendo i passaggi del quale ho trasformato il mio portatile in Macbuntu: cuore Linux e faccia MacOSx. Poi, perché l’illusione fosse maggiore, ho applicato una mela morsicata bianca sul tappo del laptop: non si illumina perché è ACERba ma fa ugualmente molto cool.